Bu makalede, Yeni Uygur Türkçesinin fonetik özellikleri Çağatay Türkçesi ve Eski Türkçe ile karşılaştırılmakta, ortak ve farklı yönleri ortaya konulmaya çalışılmaktadır. Yeni Uygur Türkçesi, Çağatay Türkçesinin devamı olmakla birlikte bu lehçenin Çağatay Türkçesinden ayrıldığı hususlar da göze çarpmaktadır. Bu ayrılıkların bir kısmının dilin doğal gelişim süreci içinde Çağatay Türkçesinde meydana gelen bazı ses değişmelerinin Yeni Uygur Türkçesinde daha ileri aşamaya varmasından, bir kısmının ise Çağatay Türkçesinden bağımsız olarak Eski Türkçe dönemi ses hadiselerinin devam etmesinden kaynaklandığını düşünmekteyiz. Her ne olursa olsun, bu kanıtlar Yeni Uygur Türkçesinin Çağatay Türkçesinden bağımsız gelişen bir Türk lehçesi olduğunu iddia etmek için yeterli değildir.